Apetit-konsernin jätevirrat ovat lähes kokonaan ei-vaarallisia jätteitä, jotka hävitetään hyötykäyttöön tai energiahyötykäyttöön. Lähes puolet koko konsernin jätteistä on Säkylän pakastetehtaalla syntyvää biojätettä, pääosin satokausikasviksista syntyvää kuorintajätettä ja sivuvirtoja.
Kantvikin kasviöljypuristamon prosessi on lähes sivuvirraton ja puristamolla syntyy vain vähän kaatopaikkajätettä. Biojätteen lisäksi jätevirtoja ohjataan teollisuusbiojätteenä energiantuotantoon. Osa Kantvikin jätevirroista, kuten öljykasvisiementen mukana tuleva seulontajae pystytään hyödyntämään puristamon omassa bioenergiatuotannossa.
Vaarallisia jätteitä konsernin jätevirroista on alle 0,1 prosenttia. Apetit-konsernin jätteet käsittelee yhtiön ulkopuolinen toimija, joka tekee jätteiden asianmukaisen hävityksen.
Apetitin valmistamista lopputuotteista syntyvä jäte muodostuu pakkausjätteestä sekä mahdollisesta ruokahävikistä. Apetitin käyttämien pakkausmateriaalien kierrätettävyysastetta pyritään kehittämään entistä korkeammaksi. Apetit-tuotteiden kuluttajapakkausjätteestä 40 prosenttia on kierrätettävää kartonkia, 31 prosenttia kierrätyksessä hyödynnettävää muovia ja 25 prosenttia muovia, jota ei pystytä hyödyntämään kierrätyksessä.
Apetit-konsernin toiminnan seurauksena ei synny ympäristölle suoraan vaarallisia jätevesiä. Säkylän tehtaan satokausikasviksien prosessointiin käytetty ravinteita keräävä vesi ajetaan Apetitin omaan jätevedenpuhdistamoon, jonka toiminta on luvanvaraista. Ilman puhdistusta luontoon päässyt vesi lisäisi vesistöjen rehevöitymistä. Raportointivuoden jätemäärää kasvatti tarkentunut raportointi esimerkiksi maa-aineiden ja lietteiden osalta, rakennustyöt sekä joidenkin jätelajien harva kiertotahti, joka aiheuttaa vaihtelua vuosien välillä.
Kantvikin kasviöljypuristamon yhteyteen rakennettu bioenergialaitos hyödyntää puristamon omia sivujakeita energiantuotannossa. Öljykasvisiementen mukana tuleva olkijae hyödynnetään bioenergialaitoksen raaka-aineena, mikä laskee samalla tehtaan muualla käsiteltävien jätteiden määrää.
Vuonna 2023 Säkylän tehtaalla käyttöönotettu energiaratkaisu mahdollistaa biohöyryn käytön. Pakastetehtaalla käyttöön otetut harjapesurit ja höyrykuorijat puolestaan ovat parantaneet merkittävästi juuresten saantoa, kun kuorittavan ainesosan määrä on yhä vähentynyt.